İnşasında iki farklı hanımın ismi geçen Hatuniyye medresesi, 1354 yılında Memlüklüler zamanında inşa edilmiştir. İlk isim, ‘‘Oğul Hatun bnt. Şemseddin Muhammed el-Kazaniyye el-Bağdadiyye’’ şeklinde geçen Bağdat Kazanlı Şemseddin bin Seyfeddin’in kızı Oğul Hatun’dur. Oğul Hatun ,Zahru’l-Cemel şeklinde isimlendirilen bir araziyi 1354 yılında vakfetmiştir.

İkinci hanımın ismi, Kazan Şah isimli emirin kızı İsfahan Şah Hatundur. İsfahan Şah Hatun 1380 yılında vakfı ikmal etmiş ve medreseyi tamir ettirmiştir (Midilli,2022; Uğurluel, 2022).

Kuran ilimleri ve fıkıh dersleri için tahsis edilen medrese, günümüzde kuruluş amacından farklı olarak, ev işlevinde kullanılmaktadır. Mescid-i Aksa’nın batı surunda yer alan medrese, Demir Kapı’dan (Babü’l Hadid) dışarıya çıkıldığı zaman soldan ikinci medresedir. Güney cephesinde yer alan pencereleri Mescid-i Aksa’ya bakmaktadır. Mescid-i Aksa’nın avlusuna bitişik olarak inşa edilmiştir. Avluya bitişik olmasından dolayı Arguniyye ve Muzafferiyye medreselerinin arasında değildir. Fakat medreseye ulaşmak için bu iki medrese arasında yer alan bir koridordan ilerlemek gerekmektedir (Aykaç,2020; Uğurluel, 2022).

Medresede Oğul Hatun’un yanı sıra tanınmış kişilerin mezarı bulunmaktadır. Avluya bakan ilk odada Şerif Hüseyin ve oğlu Abdullah yatmaktadır. Medresenin güneyinde Hindli bir Müslüman lider olan Emir Muhammed el-Hindî’nin mezarı yer almaktadır. Onun ilerisinde ise Hüseyni ailesinden kişiler medfundur (Aykaç,2020; Uğurluel, 2022).